Lorsque Nicole Notat décide de quitter le secrétariat général de la CFDT en 2002, elle a déjà trouvé son successeur en la personne de François Chérèque. Ce dernier est élu lors du 45e congrès de la CFDT, tenu à Nantes du 27 au 31 mai 2002. Educateur spécialisé, ancien secrétaire général de la fédération santé-sociaux, il est le fils de Jacques Chérèque, ancien dirigeant de la CFDT sous Edmond Maire et secrétaire d'Etat dans le gouvernement Rocard.
Le 15 mai 2003, François Chérèque accepte un compromis avec le gouvernement Raffarin sur la réforme des retraites des fonctionnaires : les salariés ayant commencé à travailler très jeunes peuvent partir avant l'âge de soixante ans, mais les fonctionnaires devront désormais aligner leur durée de cotisation sur celle du privé, soit quarante ans au lieu de trente-sept ans et demi. François Chérèque brise ainsi l'unité syndicale qui prévalait sur ce sujet. Deux jours avant la signature du compromis, par exemple, 1 à 2 millions de salariés des secteurs privés et publics manifestent en France à l'appel de l'ensemble des syndicats. Bernard Thibault, secrétaire général de la CGT, parle de "trahison".
Surtout, la CFDT connaît alors sa crise interne la plus importante depuis sa création en 1964. Plusieurs de ses organisations font part de leur opposition à la réforme approuvée par Chérèque, et certaines fédérations enregistrent une vague de départs. Ce sont celles des transports et des fonctionnaires territoriaux qui subissent la plus forte hémorragie. L'Union fédérale des cheminots CFDT, forte de 11 000 membres, vote par exemple à une très faible majorité (50,16% des voix) le départ de la Confédération, lors d'une assemblée générale le 6 novembre 2003. L'union départementale du Puy-de-Dôme décide quant à elle de se dissoudre. Officiellement, 30 000 opposants à la ligne de François Chérèque quittent l'organisation. Malgré ces défections, la CFDT, qui a obtenu 25,2% des voix aux élections prud'hommales de décembre 2002 - contre 32,1% pour la CGT et 18,5% pour FO - affiche 806 829 adhérents en 2005, dont 61% dans le secteur privé, et se revendique comme le premier syndicat de France.
En outre, l'unité syndicale se ressoude notamment à l'occasion de la mobilisation en mars-avril 2006 contre le contrat nouvelle embauche (CPE) proposé par le gouvernement Villepin. Ce front syndical de nouveau uni a favorisé le retrait du CPE. Enfin, malgré les graves soubresauts traversés en 2003, François Chérèque est réélu lors du 46e congrès de la CFDT, qui a lieu à Grenoble du 12 au 16 juin 2006, avec une très large majorité de plus de 91% des voix.
Rendant compte de l'assemblée générale de l'Union fédérale des cheminots CFDT qui s'est tenue le jour même, et qui a voté le départ de la confédération, ce sujet en profite pour évoquer plus largement la crise traversée par la CFDT. Il propose en premier lieu des images de la réunion des cheminots. Puis d'autres retracent les origines et le déroulement du divorce au sein de la CFDT à partir de la signature par François Chérèque de la réforme des retraites en mai 2003. La date précise de l'événement est du reste insérée sur l'écran, dans un but pédagogique.
Ce reportage met en valeur l'ampleur de la fracture et des tensions qui agitent la CFDT. C'est d'abord le commentaire qui l'évoque en recourant abondamment au vocabulaire de la séparation: "rupture", "fracture", "divorce" ou "déchirement". L'étendue des dissensions apparaît aussi nettement dans les propos des militants interrogés. Plusieurs images illustrent la violence verbale, voire physique, qui oppose alors de nombreux membres de la CFDT. Un cheminot apostrophe ainsi ceux qui ont voté pour le départ de la Confédération en les qualifiant de "voleurs". De même, un autre adhérent se voit refuser l'accès à un local par des membres qui ont voté la scission avec la CFDT.
Le plus remarquable cependant dans ce sujet reste cependant les attaques portées contre François Chérèque. Le reportage personnalise en effet le conflit et s'attache à placer au premier plan le secrétaire général de la CFDT: ce dernier est montré à la table des négociations de la réforme des retraites, il est ensuite pris pour cible par des manifestants à travers slogans et banderoles, et enfin il s'exprime lui-même sur la crise traversée par son organisation.
