Dans toutes les mers, les variétés de thon rouge sont en forte diminution, voire menacées d'extinction. Le stock thon rouge du sud, pêché traditionnellement par les Japonais dans le Pacifique s'est effondré le premier de 80 % il y a plus de trente ans. L'espèce est en voie d'extinction. La chair de ce poisson qui entre traditionnellement dans la cuisine nippone est très recherchée ; elle est devenue un produit de luxe, coûteux, mais aussi très lucratif pour ceux qui le commercialisent. En 2010, un thon de plus de 200 kg a été vendu 120 000 € aux enchères du marché de Tsukiji à Tokyo ; en 2013, un animal de qualité exceptionnelle a dépassé le million d'euros. Les thonidés de l'Atlantique ont été aussi soumis à la surpêche. Le thon rouge qui vient se reproduire en Méditerranée a perdu 74 % de son stock depuis les années 1950. La pêche industrielle est largement responsable de cette diminution. La technique la plus productive est celle des thoniers senneurs qui utilisent de puissants navires équipés de sonar et d'un filet (la senne) qui couvre plusieurs dizaines d'hectares. La surpêche a conduit les autorités politiques à intervenir dès la fin des années soixante. La Commission Internationale pour la Conservation des thonidés de l'Atlantique (CICTA) est une organisation internationale qui, aux termes d'une convention adoptée depuis par 47 pays, agit pour la conservation de l'espèce. Elle est la seule habilitée à conduire des études sur l'état des stocks. Des mesures ont été prises comme l'interdiction des filets dérivants en 2002. Surtout, c'est l'instauration de quotas de pêche par zone et par espèce qui doit préserver la ressource. En 2013, les limites fixées étaient de 1750 tonnes dans le Golfe du Mexique, 11800 tonnes pour le Pacifique et 13 500 pour la zone Atlantique-Méditerranée.
Pourtant, le stock de thonidés a continué à décroître. Des organisations écologistes dont le WWF ont dénoncé ce que tout le monde savait : la pêche illégale et le marché noir ont systématiquement contourné la politique des quotas. De 2000 à 2010, c'est 18 000 tonnes de thon rouge hors quotas que l'on a retrouvées sur les marchés japonais. Une simple comparaison entre les ventes commerciales et les pêches déclarées permettait de révéler des circuits qui allaient de la Méditerranée au Japon en passant par Panama. Depuis 2010, les contrôles se sont renforcés et la pêche illégale s'est réduite. Les tractations entre pays riverains pour la répartition des quotas par flottille nationale sont très tendues. Les pêcheurs français qui ont été accusés de surpêche en 2007 ont vu leur quota réduit à 958 tonnes par an jusqu'en 2013, ce qui provoque une opposition entre pêcheurs artisans et senneurs industriels, Greenpeace soutenant les premiers contre les seconds au nom de l'emploi local. D'autres moyens de régulation existent : une bague électronique sur les thons pêchés évite la fraude. Pour satisfaire la demande japonaise, les thoniers senneurs capturent de jeunes thons vivants qui sont transférés dans 12 fermes piscicoles où ils sont engraissés, au large de l'Espagne de l'Italie et de la Croatie. 110 000 tonnes ont été produites en 2012. Cette technique a aussi ses revers. Il faut 10 kg de poissons de « fourrage » pour produire 1 kg de thon rouge ; le problème de la réduction des stocks se reporte sur d'autres espèces, car la reproduction de thon en élevage n'est pas maîtrisée malgré des recherches en cours.
Elise Lucet lance le sujet sur les négociations de répartition des quotas de pêche au thon rouge par une formule convenue : « le sujet qui fâche ». En effet, le marchandage et les oppositions entre acteurs nationaux et professionnels sont violents, chaque pays défend les intérêts de ses ressortissants. Les flottilles coupables de fraude sont dénoncées par les enquêtes et leurs quotas sont réduits. Le huis-clos a été demandé et les journalistes ne peuvent pas assister aux affrontements et aux négociations. Des images d'archives sur des bancs de poissons, des senneurs en activité et le folklore du marché au poisson de Tokyo servent à planter le décor et à dresser le constat. Sur une infographie, 74 % du stock de poisson a disparu. Les accusations sont plus suggérées que réellement énoncées, l'appât du gain est l'explication avancée, mais les bénéficiaires restent dans l'ombre. En opposition, on montre un autre type de pêche : la pêche artisanale à la ligne qui ne concerne qu'une infime partie des prises, 20 % dit le commentaire, moins en réalité. Il s'agit là d'un produit de luxe bénéficiant d'une traçabilité garantie. A côté du poissonnier, un représentant écologiste défend ce type de pêche artisanale, pour trois raisons : les prélèvements respectent les quotas, ils préservent des emplois nationaux et le poisson est consommé dans le pays producteur. Les ONG Greenpeace et WWF ont conduit une enquête indépendante pour dénoncer la pêche industrielle. Il est de bonne guerre de s'associer aux pêcheurs artisanaux qui représentent 80% des emplois et 10 % des prises ! L'enquête dénonce la collusion entre les intérêts des industriels et l'administration qu'elle accuse de fausses déclarations. Les chiffres publiés, y compris ceux du CICTA, leur donnent raison.
