Tombouctou était aux XVe et XVIe siècles une capitale intellectuelle et spirituelle en Afrique. Haut lieu de la diffusion de la culture islamique, l'université de Sankoré comprenait 180 écoles coraniques et quelques 25 000 étudiants. Carrefour au coeur de l'Afrique et au centre de l'Empire du Mali, Tombouctou était un véritable lieu de commerce où se négociaient les manuscrits et le sel venant du nord contre l'or, le bétail et les céréales provenant du sud.
La ville a rejoint en 1988 les 745 biens culturels répertoriés au patrimoine de l'humanité par l'UNESCO. Les trois grandes mosquées de Djingareyber, Sankoré et Sidi Yahia témoignent de l'âge d'or de la « ville au 333 saints ». On y honore ainsi les « amis de Dieu », hommes et femmes, savants et théologiens qui jouèrent un rôle dans la propagation de l'Islam par des mausolées, de grands monuments funéraires richement décorés. Ces monuments qui font la beauté de la ville ne sont pas de pierre mais de terre crue, bâtis selon la technique de l'adobe (ou banco) : des briques de terre moulée et séchée sont disposées autour de poutres en palmier qui forment l'ossature du bâtiment. Très fragiles, ces monuments sont chaque année consolidés par les habitants sous la direction de l'imam et ont une fonction à la fois religieuse, patrimoniale et sociale. La guerre civile au Mali en 2012 oppose sur ces mausolées les radicaux islamistes aux autorités musulmanes locales.
Au cours de l'année 2012, les islamistes d'Ansar Eddine (« Défenseurs de l'islam »), d'AQMI (Al Qaeda Maghreb islamique) et du MUJAO (Mouvement pour l'Unicité et le Jihad en Afrique de l'Ouest) prennent Tombouctou. Ils considèrent la vénération locale des saints par des figures sculptées comme une « idolâtrie » condamnée par l'islam et détruisent d'abord les mausolées dans l'enceinte de la plus grande mosquée de la ville. Mais ces mausolées sont disséminés dans toute la ville, aussi bien dans des lieux publics que dans des habitations privées et sont également incorporés dans la culture africaine sous la forme de statuettes diverses. Les radicaux refusent cet art de Tombouctou qui incarne une tendance soufie tolérante envers les différentes pratiques de l'Islam qu'ils veulent faire disparaître.
Les destructions se veulent également une arme politique. En juillet 2012, les islamistes détruisent en deux jours sept des seize mausolées de saints musulmans que compte Tombouctou. Ils agissent en réaction à la décision de l'Unesco le 28 juin d'inscrire Tombouctou sur la liste des 30 biens culturels du patrimoine mondial en péril et de demander le soutien de l'Organisation islamique internationale pour l'éducation, la culture et la science (ISESCO) et l'Organisation de la coopération islamique (OCI). Les islamistes maliens affirment ne pas reconnaître cette organisation et agir « au nom de Dieu ». En octobre 2012, une deuxième vague de destructions est orchestrée en réaction à la conférence internationale de Bamako. Celle-ci propose notamment l'envoi d'une force armée au Mali pour chasser les islamistes du Nord du pays qu'ils occupent depuis le début de l'année. En décembre, de nouvelles destructions interviennent après l'adoption par le Conseil de sécurité de l'ONU d'une résolution autorisant le déploiement d'une force internationale pour reconquérir progressivement le nord du pays.
Au final la quasi-totalité des mausolées a été détruite. « La destruction du patrimoine culturel perpétrée par des attaques systématiques est profondément déplorable. Quinze mausolées de Tombouctou furent détruits dont neuf inscrits au patrimoine mondial. Nous estimons qu'environ 4 200 manuscrits de l'institut des hautes études et de recherches islamiques Ahmed Baba ont été brûlés et que 300 000 autres issus de la région de Tombouctou sont exposés au trafic illicite » a déclaré Lazare Eloundou-Assomo du Centre UNESCO du patrimoine mondial, qui dirige au premier semestre 2013 la mission de l'UNESCO envoyée pour faire un état des destructions.
L'amorce plateau du présentateur David Pujadas donne le ton : « l'ignorance et le fanatisme des islamistes » sont au cœur du reportage. La référence de leur « politique culturelle » reste la destruction spectaculaire aux explosifs des Bouddhas de Bamyian en mars 2001 par les talibans, étudiants en théologie devenus maîtres de l'Afghanistan. A Tombouctou, le processus de destruction faiblement spectaculaire est contrebalancé par la détermination de ses auteurs qui utilisent pioches et barres à mine. Une succession de plans décrit comment les parements sont détachés brique par brique, comme si rien ne devait rester des seize mausolées de Tombouctou, « symboles de la richesse culturelle de la ville ». Le montage met en relation la splendeur de la grande mosquée de Djingareyber en avril 2012 et le tas de ruines sur lequel s'acharnent les islamistes. Rien ne nous dit que nous sommes au même endroit et que les ruines sont celles de la mosquée, mais l'effet est saisissant, appuyant le commentaire off : « les joyaux de Tombouctou sont démolis systématiquement ».
Selon Abou al Baraa, membre d'Ansar Eddine, « la loi coranique dit qu'une tombe quelle qu'elle soit ne doit mesurer que quelques centimètres au dessus du sol, et qu'en aucun cas elle ne doit être vénérée car on ne peut vénérer que Dieu. C'est pour cette raison que nous la détruisons. » En arrachant la porte en bois et fer du XIIe siècle, les islamistes ne veulent laisser aucune trace de cet islam qu'ils refusent : les éléments de la croyance locale et des superstitions sont anéantis, dont cette porte qui avait été murée et qu'il fallait laisser fermée pour ne pas attirer le « mauvais œil » et les statuettes africaines. Un gros plan sur des coups violemment portés à une pierre tombale allongée permet de déchiffrer une date : 1974. La destruction n'est pas seulement celle de bâtiments qui ont souvent été reconstruits, elle est la volonté de voir disparaître la mémoire et l'histoire des lieux.
Le reportage introduit également la dimension politique des destructions et des relations entre les islamistes et les autres musulmans. L'imam de Tombouctou s'insurge : « les habitants de Tombouctou ne sont pas contents. Quand les gens d'Ansar Eddine sont arrivés ici, on ne se doutait pas qu'ils feraient les choses comme ça. C'est vraiment malheureux. » Plan étonnant de l'imam filmé derrière des grilles non identifiées, comme s'il était prisonnier car porteur d'un Islam différent. Tombouctou est mise en coupe réglée par les islamistes : une patrouille en pick up arbore le drapeau noir des islamistes, référence certes négative pour le spectateur occidental et de nombreuses tendances de l'Islam, mais symbole du jihad car couleur du vêtement de Mahomet lors de la conquête de La Mecque.
De nouveaux rapports sociaux sont imposés : sur des images de bouteilles d'alcool brisées par les milices islamistes, le journaliste Franck Genauzeau rappelle qu'à Tombouctou sont désormais interdits la musique, le cinéma, la cigarette. Une femme puis un homme, tous deux le visage masqué, sont brutalement fouettés sous les yeux du spectateur. Le commentaire précise que c'est pour une relation sexuelle hors mariage.
Les islamistes sont à Tombouctou dans une logique de conquête. Selon Oumar Hamaha, chef militaire d'Ansar Eddine, ils contrôlent la quasi-totalité de la « ville sainte de Tombouctou » ainsi que les villes de Gao et Kidal. L'ensemble du Mali du Nord devient le territoire d'un combat culturel et religieux pour l'unification de l'Islam sous leur drapeau, quitte à « terroriser toute une région ». Les islamistes maliens ne sont finalement pas si « ignorants » que le soulignait David Pujadas, mais semblent au contraire très conscients de ce qu'ils veulent et de leur propre radicalité, bravant les réactions internationales et les accusations de « crimes de guerre » de la Cour Pénale Internationale.
